Припинення діяльності неприбуткової організації відбувається шляхом її реорганізації або ліквідації. Зазвичай, ця процедура повинна бути прописана в Статуту (Положенні) неприбуткової організації. Утім, є певні вимоги, що визначені чинним законодавством України і діють для всіх неприбуткових організацій незалежно від їх організаційно-правової форми.
Реорганізація неприбуткової організації здійснюється за рішенням її вищого колегіального органу управління. У разі реорганізації всі належні організації права та обов’язки, кошти та майно переходять до її правонаступника (правонаступників). Варто зазначити, що неприбуткова організація може бути реорганізована лише в неприбуткову організацію відповідної організаційно-правової форми.
Після задоволення усіх законних вимог кредиторів Ліквідаційна комісія вирішить питання про кошти та майно організації, які не можуть при цьому перерозподілятись між її засновниками та членами організації та не можуть використовуватися для вигоди окремого засновника або члена організації (окрім оплати їх праці та відрахувань на соціальні заходи).
Наявні у неприбуткової організації кошти та майно, що залишаються після її ліквідації, повинні бути передані одній або кільком неприбутковим організаціям відповідного виду або спрямовані на благодійні цілі якщо інше не передбачено законом.
Ця норма не розповсюджується на неприбуткові організації, визначені підпунктами “а” та “в” пункту 157.1 Податкового кодексу України.
Якщо рішення про ліквідацію неприбуткової організації прийняте в судовому порядку, всі майнові, фінансові та інші питання, пов‘язані з її ліквідацією, вирішуються відповідно до рішення суду.
У випадках, передбачених чинним законодавством України, наявні у неприбуткової організації кошти та майно, що залишаються після її ліквідації, за рішенням суду можуть бути зараховані до доходу відповідного бюджету.
Після ліквідації неприбуткової організації орган реєстрації приймає рішення щодо скасування запису про її реєстрацію. Ліквідація вважається завершеною, а організація такою, що припинила свою діяльність, з моменту виключення її з ЄДРПОУ.
Ліквідація неприбуткової організації здійснюється за рішенням вищого колегіального органу управління або суду. Для вирішення всіх питань, пов'язаних з ліквідацією, утворюється Ліквідаційна комісія, до якої переходять повноваження з управління справами організації. Припинення діяльності організації передбачає припинення її діяльності та діяльності всіх її органів та організацій, крім Ліквідаційної комісії а також припинення членства в організації.